Государь заботился о положении духовенства. 3 июля 1902 года им был утвержден Уустав о пенсиях и единовременных пособиях священнослужителям и псаломщикам.  «Убежден, — начертал Государь при утверждении устава, — что епархиальное духовенство с углубленным рвением будет нести свое пастырское служение в истинно христианском духе».
Духовенство оправдало доверие Государя в смуту 1905-1907 годов. Во всеподданнейшем отчете обер-прокурора Синода за эти годы говорится: «Подвиг терпения, любви и молитвы русское духовенство несло не ослабевая…

Явились и из его средыпредатели, отверженные ныне церковным судом и осужденные народною совестью. Но они, слава Богу, считались единицами. Были колеблющиеся, сбитые с толку, шедшие на сближение с врагом «страха ради иудейска», но их, к счастью, были сотни из всей пятидесятитысячной Христовой рати русского православного духовенства».

(52)